L'indipendenza del Montenegro fu riconosciuta nel 1878 e quell'anno il Montenegro adottò il tricolore orizzontale rosso-blu-bianco della Serbia (con il quale aveva legami sciolti) per la propria bandiera di stato. I suoi colori pan-slavi sono stati ispirati dalla bandiera russa. Quando il Montenegro acquisì una marina, sul disegno apparvero i simboli del principe (poi re) Nicola. Dopo la prima guerra mondiale, il Montenegro indipendente insieme a molti altri paesi balcanici entrò a far parte del Regno di serbi, croati e sloveni (in seguito ribattezzato Jugoslavia) e non ebbe una propria bandiera. La Jugoslavia è stata sciolta dalle potenze dell'Asse durante la seconda guerra mondiale; Il Montenegro, nominalmente indipendente, fu occupato dall'Italia e di nuovo volò sul tricolore rosso-blu-bianco dal luglio 1941 al novembre 1943.
La Jugoslavia fu ristabilita come federazione dopo la guerra e alle repubbliche costituenti fu permesso di adottare bandiere. Il Montenegro ha utilizzato il suo tricolore, con una stella rossa bordata di giallo al centro, dal dicembre 1946 al 1993. La repubblica è rimasta (con la Serbia) nella federazione jugoslava dopo che le altre repubbliche si erano separate da essa all'inizio degli anni '90; il paese era conosciuto come Serbia e Montenegro nel 2003-2006.
Il 13 luglio 2004, il Montenegro ha adottato una bandiera distintiva. Basata su un vecchio stendardo reale, la nuova bandiera del Montenegro era rossa bordata di giallo. Al centro c'era un'aquila gialla a due teste che mostrava uno scudo con un leone: le armi dinastiche della dinastia Njegoš che un tempo governava il Montenegro. Nel 2006 un referendum popolare in Montenegro ne ha favorito la secessione dalla federazione e l'indipendenza è stata proclamata il 3 giugno; la bandiera del 2004 è diventata la bandiera nazionale del Montenegro in quel giorno.
