Dopo la rivoluzione in Portogallo nell'aprile 1974, si aprì la possibilità di indipendenza per le colonie portoghesi. Le forze indipendentiste di Sao Tome e Principe lavorarono con le autorità portoghesi su un calendario che alla fine portò all'indipendenza e ad una nuova bandiera il 12 luglio 1975. La forza trainante era il Movimento per la liberazione di Sao Tome e Principe (MLSTP), che era stato creato nel 1960. Il suo leader, Manuel Pinto da Costa, divenne il primo presidente del paese ed è anche accreditato per aver disegnato la bandiera nazionale. Varie alternative, che incorporavano tutte i colori associati all'indipendenza panafricana (rosso, giallo, verde e nero), furono prese in considerazione e alla fine rifiutate.
Quiz Destinazione Africa: realtà o finzione? L'Etiopia ha diverse importanti città portuali.La bandiera scelta alla fine era la stessa di quella dell'MLSTP tranne per il fatto che le larghezze delle strisce erano in un rapporto di 2: 3: 2 invece di essere uguali. Il triangolo rosso sull'argano rappresenta l'uguaglianza e il movimento di indipendenza. Le due stelle riflettono la popolazione africana che vive nelle due isole principali di cui è composto il paese. Il verde è per la lussureggiante vegetazione delle isole, il giallo per il sole tropicale. La bandiera è simile a quelle inizialmente adottate in altri ex territori portoghesi (Capo Verde e Guinea-Bissau) e nel vicino Camerun, che aveva due stelle nella sua bandiera fino a maggio 1975.