Dopo la seconda guerra mondiale le repubbliche membri dell'Unione Sovietica alterarono le loro bandiere per introdurre strisce dei colori nazionali. Il Tagikistan è stato l'ultimo dei 15 ad agire. Le precedenti bandiere del Tagikistan sovietico erano state rosse con il solito martello, falce e stemma comunisti sopra il nome dello stato in lettere d'oro. Il 20 marzo 1953, il Tagikistan ha aggiunto due strisce orizzontali, bianche su verde chiaro, alla bandiera rossa sovietica con la sua falce e martello d'oro e la stella rossa bordata di oro. Il verde rappresentava la viticoltura e la produzione agricola, mentre il bianco rappresentava il cotone che aveva reso famoso il Tagikistan.
Il Tagikistan ha proclamato la sua indipendenza il 9 settembre 1991, ma ancora una volta è stato lento a modificare la sua bandiera. Il nuovo design, risalente al 24 novembre 1992, incorpora gli stessi quattro colori della bandiera del 1953. Oggi si dice che il verde rappresenti la produzione agricola, mentre il rosso è un "simbolo della sovranità statale". Il bianco ha lo stesso significato di prima, riferendosi al raccolto di cotone. La corona al centro della striscia bianca è sormontata da un arco di sette stelle d'oro: si dice che queste rappresentino l'unità tra le diverse classi sociali del paese, inclusi operai, contadini e intellettuali.
