Il 24 ottobre 1962, la Giornata delle Nazioni Unite, fu issata per la prima volta una bandiera per il territorio fiduciario delle isole del Pacifico (TTPI), che, sotto la supervisione delle Nazioni Unite, era amministrato dagli Stati Uniti. I colori di quella bandiera, azzurro e bianco, erano basati su quelli della bandiera delle Nazioni Unite. Progettata da Gonzalo Santos, la bandiera ha ricevuto l'approvazione finale nel 1965 sulla base di un voto nel Congresso nazionale della Micronesia.
Le sei stelle bianche nella bandiera del territorio fiduciario corrispondevano ai sei distretti del paese: Palau, le Isole Marshall e le Isole Marianne Settentrionali (che in seguito divennero stati separati), così come Yap, Truk (ora Chuuk), e Ponape (ora Pohnpei). Gli ultimi tre gruppi di isole divennero gli Stati Federati di Micronesia nel 1979, insieme al distretto aggiuntivo di Kusaie (ora Kosrae). La nuova bandiera della Micronesia è stata progettata e approvata da un congresso ad interim il 30 novembre 1978. Basata sul design e sul simbolismo della bandiera precedentemente utilizzata dal Trust Territory, questa bandiera ha presentato quattro stelle bianche a cinque punte per i quattro distretti (stati) , centrato su un campo blu per l'Oceano Pacifico. Un raggio di ciascuna stella puntava lontano dal centro della bandiera, come se fosse disposto su un anello immaginario.La libera associazione con gli Stati Uniti è stata raggiunta il 3 novembre 1986, e successivamente è stata apportata una leggera modifica alla bandiera: il blu scuro è stato sostituito dal "blu delle Nazioni Unite" della bandiera originale TTPI.
