Città di Boerne v. Flores , causa in cui la Corte Suprema degli Stati Uniti il 25 giugno 1997, ha stabilito (6–3) che il Religious Freedom Restoration Act (RFRA) del 1993 eccedeva i poteri del Congresso. Secondo la corte, sebbene l'atto fosse costituzionale riguardo alle azioni federali, non poteva essere applicato agli stati.
A Boerne, in Texas, la chiesa cattolica locale, un edificio tradizionale in adobe, era diventata troppo piccola per la sua congregazione, e nel 1993 Patrick F. Flores, l'arcivescovo di San Antonio, chiese un permesso per ingrandire la chiesa. Il consiglio comunale ha negato il permesso, citando un'ordinanza volta a preservare il suo quartiere storico. Flores ha intentato una causa, sostenendo che il diniego del permesso violava l'RFRA, che afferma che "[g] la sovranità non graverà sostanzialmente sull'esercizio della religione di una persona anche se l'onere deriva da una regola di applicabilità generale". La legge si applicava ai governi federale e statale.
La RFRA è arrivata tre anni dopo la divisione per l'occupazione, dipartimento delle risorse umane dell'Oregon contro Smith(1990), in cui la Corte Suprema stabilì che uno stato poteva negare i sussidi di disoccupazione ai membri della Native American Church che erano stati licenziati dal lavoro perché ingerivano peyote per scopi sacramentali; la corte ha spiegato che le leggi che sono ufficialmente neutre rispetto alla religione possono essere applicate dal governo. In risposta, il Congresso ha approvato la RFRA, rendendo più difficile per i governi annullare le libertà religiose. Nell'estensione della legge ai governi statali, il Congresso si è basato sulla sezione 5 del quattordicesimo emendamento, che gli ha conferito il potere di far rispettare le disposizioni di tale emendamento; il Quattordicesimo Emendamento richiede un giusto processo prima di privare qualsiasi persona della vita, della libertà o della proprietà e di un'eguale protezione ai sensi della legge.
A Flores , un tribunale distrettuale federale ha stabilito per Boerne, ritenendo che la RFRA fosse incostituzionale. La Corte d'Appello del Quinto Circuito, tuttavia, ha annullato ritenendo l'atto costituzionale.
Il caso è stato discusso dinanzi alla Corte Suprema il 19 febbraio 1997. Ha dichiarato che il Congresso non dispone di una discrezionalità illimitata per emanare leggi ai sensi della Sezione 5 del Quattordicesimo Emendamento. Il Congresso ha il potere solo di far rispettare le disposizioni, ha dichiarato la corte, ma non può modificare il diritto che sta facendo rispettare. In effetti, il Congresso ha potere riparatore per prevenire abusi ai sensi del Quattordicesimo Emendamento. Per illustrare questo punto, la corte ha citato il Voting Rights Act del 1965. La corte aveva confermato tale atto in vari casi, trovando che il Congresso aveva il diritto di emanare forti "misure correttive e preventive" per correggere "la diffusa e persistente discriminazione razziale" in gli Stati Uniti. Nel caso della RFRA, tuttavia,la corte ha ritenuto che la storia legislativa dell'atto mancasse di "esempi di casi di leggi generalmente applicabili approvate a causa del fanatismo religioso negli ultimi 40 anni". Inoltre, la corte ha ritenuto che l'atto fosse "talmente sproporzionato rispetto a un presunto oggetto riparatore o preventivo che non può essere inteso come rispondente a, o progettato per prevenire, un comportamento incostituzionale".
Inoltre, la corte ha ritenuto che la RFRA fosse troppo ampia e avrebbe portato a intrusioni a tutti i livelli di governo. La corte si chiedeva come avrebbe determinato se l'azione del governo gravava sostanzialmente sulla libertà religiosa di una persona. La corte ha concluso che l'RFRA era "una considerevole intrusione del Congresso nelle prerogative tradizionali e nell'autorità generale degli Stati" ed era quindi incostituzionale quando applicato agli Stati. La decisione del Quinto Circuito è stata ribaltata.
